項目的運行過程中，碟管式反滲透膜會在各種因素下，一段時間后出現壓力上升、產水量及脫鹽率降低等現象，這就是所謂的膜污染。具體可能是結垢，膠體污染，微生物污染中的一種或多種原因綜合所導致。

在實際工作中，則可以根據計算機顯示的數據來決定是否對DTRO膜進行清洗。具體的數據如下：

1.產水量不變時，運行壓力是初始壓力的1.1倍以上時；

2.運行壓力不變時，產水量下降10%以上時。膜清洗主要分為物理清洗和化學清洗，后者比前者清洗的反應速度更快，清洗更為徹底，包括酸洗，堿洗和消毒劑清洗等。一般多采用先堿洗后酸洗的順序交替清洗，方向從底部向上。

另外，由于污水從底部進入膜柱，致使污染物的濃度隨著膜片層數的升高而升高，因此上層膜片反而更易被污染。一般膜柱中污染嚴重的也是上層的膜片。時間久了之后，一些膜片就會因污染太嚴重而出現破損，無法再保證正常的出水水質，此時就要對那些受損的膜片進行更換。

這里也可以根據電腦上的數據—膜柱的電導率來查找出需要更換膜片的膜柱。而DTRO膜只需要更換掉破損的膜片即可，對于未破損及污染程度較小的膜片，可以繼續使用，從而降低了整個系統的運行成本。這也是DTRO系統的一大優勢。